Клиентам

Услуги

Сотрудничество

start-up preparation downloads probles equipment  

Подготовка образцов:


1. Номера образцов

Секвенирование ДНК проводится после согласования номеров образцов с сотрудниками ЦКП по телефону в Москве (499) 755-58-18. Если по какой-либо причине Вы не можете привезти образцы в срок, просим Вас повторно позвонить и согласовать с сотрудниками ЦКП новые номера.

2. Поготовка матрицы

Поготовьте фрагмент матрицы ДНК, который необходимо просеквенировать. Это может быть ПЦР-продукт или плазмида. Обязательно проведите гель-электрофорез вашей матрицы, чтобы убедиться в её наличии, качестве и концентрации. Перед тем, как отдать образец на секвенирование, мы рекомендуем переосадить его в мягких условиях для очистки от праймеров и других компонентов ПЦР-реакции, без использования коммерческих наборов. Подробнее о переосаждении и очистке. (протокол переосаждения ).

3. Пробирки

Пробирки объемом 0,5 мл, не тонкостенные, предпочтительно фирмы Treff или QSP, должны быть аккуратно и чётко подписаны стойким маркером на крышке и сбоку (без наклеек).

Большие партии могут быть приняты к исполнению в стрипованных пробирках (PCR 8 Strip 0,2 ml)
(подробнее...).

 

Большие партии могут быть приняты к исполнению в плашках для ПЦР (96 Well PCR Plate)

Внимание: Образцы в нестандартных пробирках в исключительных случаях могут быть приняты к исполнению, однако в этом случае мы не гарантируем качество результата.

4. Концентрация матрицы

Следует определить концентрацию матрицы ДНК в каждом образце и разбавить её в соответствии с длиной и типом секвенируемого фрагмента. Придерживайтесь рекомендуемого количества матрицы.

Внимание: Опыт показывает, что превышение допустимого количества матрицы (особенно для PCR-продуктов) резко снижает качество сиквенса. Недостаточное количество матрицы дает слабый флуоресцентный сигнал.

5. Праймер

Стандартное количество праймера, вносимого в каждый образец – 3.2 pmol. При подготовке сложных GC-богатых матриц в пробирках объемом 0.2 мл следует увеличить количество праймера до 5 pmol.

Мы не имеем возможности изменять условия ПЦР, поскольку химия для ПЦР с флуоресцентно-меченными терминаторами (ddNTP) адаптирована к определённым условиям. Учитывайте это при выборе Вашего праймера.

Внимание: Мы не добавляем универсальные праймеры к Вашим плазмидам. Если добавление Вам необходимо, пожалуйста, позвоните нам для согласования этого вопроса.

6. Упаривание

Образцы следует полностью упарить в вакуумной центрифуге или в термостате на 60-65°С. При упаривании в термостате рекомендуем выдержать пробирки 5-10 мин. при комнатной температуре, чтобы избежать выпадения конденсата. Крайне желательно, чтобы объем упариваемого образца не превышал 10 мкл.

При упаривании важно не пересушивать матрицу.

Внимание: Мы не гарантируем качество сиквенса неполностью упаренных образцов. Мы не принимаем образцы, содержащие красители или иные посторонние вещества.

7. Заявка

Заполните и подпишите у грантодержателя Заявку на секвенирование. При необходимости, заполните графу "примечания".

В случае GC-богатой матрицы целесообразно указать "на повышенную температуру денатурации". В этом случае ПЦР с флуоресцентно-мечеными ddNTP будет произведена с повышенной температурой денатурации 98°С. Укажите, если у Вас срочные клинические образцы.

8. Доставка образцов

Упаренные образцы для секвенирования в запечатанных и подписанных конвертах или прозрачных папках вместе с приложенным бланком аккуратно заполненной и подписанной Заявки просим оставлять на вахте института молекулярной биологии в папке ЦКП «Геном». Образцы привозить в день записи вечером до 22:00 или утром следующего дня до 10:30.

Внимание: Работает бесплатная курьерская доставка образцов с вахт ИБХ РАН и корпуса "Б" МГУ им. М.В. Ломоносова. Чтобы воспользоваться услугой, закажите доставку по телефону одновременно с согласованием номеров образцов.

Курьерская доставка (требуется предзаказ по телефону):

Из корпуса "Б" МГУ им. М.В. Ломоносова (папка ЦКП "ГЕНОМ" на вахте).

Из Института Биоорганической Химии РАН (папка ЦКП "ГЕНОМ" на вахте).

9. Получение результатов

Мы выполняем анализ Ваших образцов в течение 1-3 рабочих дней и высылаем результаты в виде электрофореграмм (формат .ab1) по электронной почте, указанной Вами в Заявке на секвенирование.

Внимание: Если прошло более 2-3 рабочих дней, а Вы не получили результаты, пожалуйста, позвоните нам по телефону или напишите по электронной почте (zkpg@yandex.ru)!

Внимание: мы высылаем электрофореграммы в формате .ab1. Некоторые программы (например, старые версии SeqMan) не могут открывать напрямую данные, полученные с нового секвенатора 3500xL. В этом случае целесообразно конвертировать формат .ab1 в более универсальный .scf. Это можно сделать через опцию «Batch conversion» в таких программах, как Chromas или BioEdit.
    client