Полезная информация:
Для подготовки публикаций:
Секвенирование ДНК проводили с помощью набора реактивов ABI PRISM® BigDye™ Terminator v. 3.1 с последующим анализом продуктов реакции на автоматическом секвенаторе Applied Biosystems 3730 DNA Analyzer.
Универсальные праймеры для секвенирования плазмидных ДНК:
| M13 (-21) Direct | 5’-TGTAAAACGACGGCCAGT-3’ | 18-mer |
| M13 Reverse | 5’-CAGGAAACAGCTATGAC-3’ | 17-mer |
| Sp6 | 5’-GATTTAGGTGACACTATAG-3’ | 19-mer |
| T7 | 5’-TAATACGACTCACTATAGGG-3’ | 20-mer |
В распоряжении ЦКП всегда есть универсальные плазмидные праймеры. При необходимости, Вы можете приобрести пробирки с праймером, разведённым до концентрации 1,6 pmol/мкл (2 мкл на одну сиквенсную реакцию).
Рекомендуемые коммерческие наборы для выделения плазмид и очистки продуктов ПЦР:
ООО «Бион»
119991, Москва, ул. Губкина, 3
тел./факс: (499) 135-42-06
e-mail: koptev@vigg.ru
V-gene: выделение ДНК/РНК (реагенты по технологии Qiagen)
Ultrapure Plasmid DNA Purification
Cat. No. 110120-05
DNA Gel Extraction Kit
Cat. No. 110610-05
Реактивы фирмы Promega
Wizard® Plus SV Minipreps
Cat. No. A1330
Wizard® SV Gel and PCR Clean-Up System
Cat. No. A9281
OOO «ИзоГен»
119991, Москва, ул. Губкина, 3
тел./факс: (499) 132-67-95
e-mail: shaikhaev@vigg.ru
Diatom® DNA elution (набор реагентов
для быстрой элюции ДНК из
агарозных гелей различной маркировки)
Внимание!
Для предотвращения ингибирования сиквенсной реакции при использовании коммерческих наборов с колонками рекомендуем переосадить ДНК этанолом (по стандартной методике в присутствии CH3COONa) и промыть осадок 70% этанолом. Высушить, растворить, определить количество и использовать для сбора реакции.
Программы для обработки и просмотра результатов секвенирования:
Sequencing Analysis (Applied Biosystems)
Sequence Scanner (Applied Biosystems) - бесплатная программа
для просмотра и анализа последовательностей ДНК. Эта упрощённая версия платной программы Sequncing Analysis позволяет просматривать всю техническую информацию о прохождении сиквенсного электрофореза, в том числе величину флуоресцентного сигнала. Скачать.
Seqman (пакет Lasergene DNAStar)
SeqScape (Applied Biosystems)
Sequencher (Gene Codes Corporation)
Chromas (Technelysium Pty Ltd)
Sequence Navigator (Mac)
SeqEdit (Mac)
Программы для обработки и просмотра результатов фрагментного анализа:
GeneMapper (Applied Biosystems)
Peak Scanner (Applied Biosystems) - бесплатная программа. Скачать.
Genotyper
 |